С целью подготовки резерва командного состава для Вооруженных Сил в Целиноградском сельскохозяйственном институте была создана военная кафедра.
Кафедра создала самую необходимую учебно-материальную базу и начала проводить военную подготовку с октября 1958 года (приказ по ЦСХИ № 237 от 16 сентября 1958 года). В 1961 году в соответствии с проведением мероприятий по разоружению и сокращению Вооруженных Сил военная кафедра была упразднена.
В 1965 году ввиду начала «холодной войны», возникла острая потребность в подготовке резерва офицерских кадров и вновь была открыта военная кафедра. Начальником был назначен полковник Петриченко Ф.Д., который очень многое сделал для становления и развития военной кафедры. Создание циклов на кафедре (тактического – 1969 г., огневого – 1971 г.) и автомобильного профиля (1975 г.) сыграло исключительно важную роль в деле обучения и воспитания студентов.
В 1976 году была открыта новая военно-учетная специальность «Применение автомобильных подразделений, частей и соединений общевойскового назначения».
В 1985 году начался новый этап в развитии кафедры: был сдан в эксплуатацию целый комплекс, включающий типовой 4-х этажный корпус с учебными классами, лабораториями и вспомогательными помещениями, закрытую стоянку – парк хранения боевой техники, автомобилей, пункт технического обслуживания, стрелковый 50-ти метровый тир.
С февраля 2009 г. на военной кафедре открыты 2 новые специальности: «Эксплуатация и ремонт автомобильной техники многоцелевого назначения» (ВУС-560201), «Топографические работы» (ВУС-590200).
С сентября 2012 года началось обучение по двум военно-учетным специальностям «Применение автомобильных подразделений частей и соединений общевойскового назначения», «Эксплуатация и ремонт автомобильной техники многоцелевого назначения» на государственном языке.
С 2018 года введено обучение по специальности «Организация продовольственного обеспечения» и с 2020 года по специальности «Применение подразделений и частей топогеодезического обеспечения».
В 2020 году открыт цикл по подготовке сержантов запаса который занимается подготовкой студентов по шести специальностям.
Военная кафедра офицерским составом была укомплектована полностью. Все офицеры имели войсковой опыт и соответствуют штатному предназначению.
Начальниками военной кафедры в разные годы были:
16.09.1958 г. – полковник Джабиев Савелий Падоевич.
04.08.1965г. – полковник Петриченко Федор Дмитриевич.
24.11.1975г. – полковник Белинский Вионор Георгиевич.
29.11.1985г. – полковник Лосев Владислав Владимирович.
14.12.1993г. – полковник Бородовицын Анатолий Петрович.
24.11.1997г. – полковник Рихтер Альберт Игнатьевич.
18.10.1999г. – подполковник Далабаев Адильхан Куанышбаевич.
12.01.2002г. – полковник Соловьев Владимир Николаевич.
03.06.2008г. - полковник Альжапаров Совет Кайркенович.
С 1.04.2014г. назначен полковник в отставе ДуламбаевТолегенАгибаевич.
Почетный профессор Казахского национального аграрного университета. Карьера. 1979 г. — Кайрат Айтуганов начал работать оператором цеха перевозки Кокчетавского почтамта. 1984-1985 гг. — ассистент кафедры почвоведения Целиноградского сельхозинститута. 1987-1989 гг. — агроном, старший агроном, главный экономист совхоза Карабулакский Зерендинского р-йона Кокчетавской обл.