Группы образовательных программ подготовки доктора PhD имеют научно-педагогическую направленность и предполагает фундаментальную образовательную, методологическую и исследовательскую подготовку и углубленное изучение дисциплин по соответствующим направлениям наук для системы высшего и послевузовского образования и научной сферы.
PhD Докторантура обеспечивает совершенствование процесса подготовки научно-педагогических кадров в соответствии с международными требованиями и принципами Болонского процесса. 

КАТУ им.С.Сейфуллина имеет лицензию по 24 группам образовательных программ докторантуры PhD.

Список групп образовательных программ  докторантуры PhD

• D008 – Подготовка педагогов профессионального обучения
• D070 – Экономика
• D072 – Менеджмент и управления
• D073 – Аудит и налогоблажение
• D074 – Финансы, банковское и страховое дело
• D075 – Маркетинг и реклама
• D077 – Оценка
• D094 – Информационные технологии
• D098 – Теплоэнергетика
• D099 – Энергетика и электротехника
• D100 – Автоматизация и управления
• D103 – Механика и металлообработка
• D104 – Траспорт, транспортная техника и технологии
• D111 – Производство продуктов питания
• D122 – Архитектура
• D123 – Геодезия
• D128 – Землеустройство
• D130 – Стандартизация, сертификация и метрология (по отрасли)
• D131 – Растениеводство
• D132 – Животноводство
• D133 – Лесное хозяйство
• D135 – Энергообеспечение сельского хозяйства
• D136 – Автотранспортные средства
• D138 – Ветеринария

Правила приема в докторантуру регламентируются с Типовыми правилами приема на обучение в организации образования, реализующие образовательные программы высшего и послевузовского образования (приказ МОН РК №600 от 31 октября 2018 года).